หัวมันสำปะหลังที่ผ่านการล้างและปอกเปลือกที่สะอาดจะจะถูกลำเลียงโดยสานพานเข้าสู่เครื่องโม่ (Rasper) จะมีมีดโดยใบมีดขนาดใหญ่ในแนวตั้งฉากกับผิวหน้า โดยมีอัตราการหมุนประมาณ 1000 rpm และทำการติดตั้งใบมีดตั้งแต่ 100 ใบขึ้นไป ใบมีดแต่ละใบมีความยาว 30 เซนติเมตร ซึ่งในขั้นตอนนี้จะได้ของเหลวข้นที่มีส่วนผสมของแป้ง น้ำ กากมัน และสิ่งเจือปนต่าง ๆ ระหว่างกระบวนโม่จะมีการจ่ายน้ำจากกระบวนการเพื่อช่วยในการทำงานของเครื่องให้สะดวกยิ่งขึ้น

หลังจากนั้นมันสำปะหลังที่บดจนเป็นชิ้นละอียดจากเครื่องเครื่องขูดหรือบดซึ่งจะมีส่วนประกอบของน้ำแป้ง กาก และเส้นใยจะถูกเติมน้ำก่อนจะนำเข้าสู่เครื่องสกัดแป้ง (Extractor) หน้าที่ของหน่วยสกัดคือ การแยกแป้งออกจากเซลลูโลส เครื่องสกัดแป้งจะประกอบไปด้วยตะแกรงและผ้ากรองเป็นส่วนประกอบ หลักการทำงานของเครื่องจะใช้หลักการของแรงหมุนเหวี่ยง(Centrifugal Force) โรงงานส่วนใหญ่จะใช้ชุดสกัด 3 ชุด แต่โรงงานขนาดใหญ่ อาจใช้ชุดสกัดถึง 4 ชุดต่อเนื่องกันเพื่อสกัดแป้งออกจากเซลลูโลสให้ได้มากที่สุด เครื่องสกัดแป้งแบ่งตามหน้าที่ตามกรองออกเป็น 2 ชุด คือ ชุดสกัดหยาบ (Coarse Extractor) และชุดสกัดละเอียด (Fine Extractor) น้ำแป้งจะผ่านเข้าชุดสกัดหยาบก่อน เพื่อแยกกากหยาบออกแล้วจึงเข้าสู่ชุดสกัดละเอียดเพื่อแยกกากอ่อน กากหยาบและกากอ่อนที่ได้จะถูกเหวี่ยงออกทางด้านบนของตะกร้ากรองแล้วเข้าสู่เครื่องสกัดชุดสกัดกาก (Pulp Extractor : เป็นเครื่องสกัดหยาบ ทำหน้าที่สกัดแป้งที่หลุดออกไปกับกาก) และเครื่องอัดกากต่อไป

โดยที่เครื่องสกัดหยาบมีตะกร้ากรองเป็นสแเตนเลส (Stainless Screen) ขนาดรูกรอง 35-40 mesh มีการใช้น้ำหมุนเวียนหรือน้ำดีเพื่อช่วยในการสกัดแป้งออกจากกากหยาบ ส่วนเครื่องสกัดละเอียดตะกร้ากรองเป็นสแตนเลสมีรูกรองขนาดเส้นผ่านศูนย์กลางประมาณ 0.5 ซม. และใช้ผ้ากรองไนลอนทรงกรวยเหมือนตะกร้ากรองวางด้านบนแล้วยึดด้วยสายรัดโลหะ ผ้ากรองที่ใช้มีขนาดรูกรองสองแบบคือ 100-120 mesh และ 140-200 mesh มีการใช้น้ำกำมะถันและน้ำดีช่วยในการสกัดแป้งจากกากอ่อน น้ำกำมะถันช่วยกำจัดการเกิดเมือกที่จะไปอุดตันแผ่นกรอง ป้องกันไม่ให้เกิดการสูญเสียแป้งจากจุลินทรีย์และช่วยฟอกสีแป้งให้ขาว กากมันสำปะหลังจะถูกแยกออกจากน้ำแป้งเพื่อนำเข้าสู่เครื่องอัดกากและนำไปตากแดดเพื่อนำไปผสมเป็นอาหารสัตว์หรือนำไปผสมกับมันเส้นเพื่อทำมันอัดเม็ด