โดยทั่วไป แป้งมันสำปะหลัง 1 ตัน ก่อให้เกิดน้ำเสียประมาณ 10 – 20 ลูกบาศก์เมตร และมีภาระความสกปรกของสารอินทรีย์สูง (ปริมาณบีโอดี ประมาณ 55 - 200 กิโลกรัม ปริมาณซีโอดี ประมาณ 130 - 400 กิโลกรัม ปริมาณสารแขวนลอย ประมาณ 40 - 140 กิโลกรัม ฟอสฟอรัสทั้งหมดประมาณ 0.2 - 0.6 กิโลกรัม และไนโตรเจนทั้งหมดประมาณ 3 - 10 กิโลกรัม) นอกจากนี้ กระบวนการผลิตยังก่อให้เกิดสิ่งปฏิกูลหรือวัสดุที่ไม่ใช้แล้วในรูปของแข็ง ได้แก่ เปลือก ราก และกากมันสำปะหลัง [2] ซึ่งเมื่อเทียบปริมาณความสกปรกที่เกิดจากน้ำเสียของโรงงานผลิตแป้งมันสำปะหลัง กับปริมาณความสกปรกจากประชากรพบว่า โรงงานอุตสาหกรรมผลิตแป้งมันสำปะหลังชนิด Native starch โดยทั่วไปจำนวนหนึ่งแห่ง ที่มีกำลังการผลิตเฉลี่ย 100-200 ตันแป้งต่อวัน ทำให้เกิดน้ำเสียที่มีความสกปรกเทียบเท่าประชากรจำนวน 92,000-680,000 คน [5] ในแต่ละกระบวนการส่งผลให้เกิดมลพิษทั้งทางน้ำ อากาศ และเศษวัสดุเหลือทิ้ง จึงต้องมีแนวทางในการจัดการที่แตกต่างกันออกไป ในการจัดการมลพิษทางน้ำ สามารถทำได้โดยการติดตั้งระบบบำบัด ระบบบำบัดน้ำเสียจากโรงงานแป้งมันสำปะหลังที่นิยมใช้กันมากในประเทศไทยจากเดิม คือ ระบบบ่อหมัก และบ่อปรับเสถียร โดยในปัจจุบันได้หันมาใช้กระบวนการผลิตก๊าซชีวภาพจากน้ำเสียที่มีอัตราการย่อยสลายสารอินทรีย์สูง เช่น ระบบ UASB, ABR หรือ Covered Lagoon เป็นต้น ระบบบำบัดมลพิษอากาศ แหล่งกำเนิดมลพิษอากาศที่สำคัญในโรงงานอุตสาหกรรมแป้งมัน เกิดจากการผลิตในกระบวนการทำให้แป้งแห้ง การร่อนแป้ง และการบรรจุแป้งเป็นส่วนใหญ่ และอาจมีมลพิษอากาศจากการใช้เชื้อเพลิงของหม้อน้ำบ้าง ซึ่งระบบบำบัดมลพิษอากาศที่นิยมใช้ได้แก่ ระบบไซโคลน (Cyclone) ระบบถุงกรองและระบบดักฝุ่นแบบเปียก (Wet Scrubber) โดยอาจใช้ระบบบำบัดอากาศเสียเพียงระบบเดียว หรือใช้มากกว่าหนึ่งระบบในการบำบัดอากาศเสียตามความเหมาะสม ดังแสดงในภาพที่ 4 [8]

รูปภาพที่ 10.3 ระบบการบำบัดอากาศเสีย [8]

แนวทางการจัดการสิ่งปฏิกูลหรือวัสดุที่ไม่ใช้ การจัดการสิ่งปฏิกูลหรือวัสดุที่ไม่ใช้แล้วจะต้องดำเนินการตามประกาศกระทรวงอุตสาหกรรม เรื่องการกำจัดสิ่งปฏิกูลหรือวัสดุที่ไม่ใช้แล้ว พ.ศ. 2548 ซึ่งมีวิธีการจำกัดกากของเสียที่แบ่งตามประเภทของของเสียดังแสดงในตารางที่ 1 [8]

ตารางที่ 10.1 แนวทางการจัดการสิ่งปฏิกูลหรือวัสดุที่ไม่ใช้ [8]

นอกจากนี้ยังนำน้ำเสียจากกระบวนการผลิตแป้งมันสำปะหลังมาผลิตเป็นก๊าซชีวภาพ ซึ่งสามารถผลิตไฟฟ้าทดแทนน้ำมันเตา จากการวิจัยของศูนย์พันธุวิศวกรรมและเทคโนโลยีชีวภาพแห่งชาติ หรือ ไบโอเทค เพื่อไม่ให้มีการปล่อยน้ำทิ้งไปสร้างมลพิษสู่ชุมชน [9] ซึ่งจะกล่าวถึงในหัวข้อถัดไป